抗生素和抗菌肽有着本质的区别，更不能把抗菌肽和肽类抗生素混为一谈，作为抗生素的替代品，抗菌肽的开发和应用是目前全球抗菌剂、佐剂和免疫增强剂研究的热点，吸引着一大批生物公司持续研究，随着技术的进步，“抗菌肽造福全人类”这句话将逐渐成为现实。

抗生素是来源于微生物，会产生耐药性，抗菌肽动植物和微生物防御系统的组成部分，不会产生耐药性。 抗生素是与细菌的细胞膜受体结合，  抗菌肽消融细菌的细胞膜。

抗菌肽的作用不涉及特定的靶位，完全是阴阳离子的物理作用，它可以很快杀灭微生物。由于细菌表面的结构和带电性能无法改变，因此很难产生抗药性，在饲料中添加可以替代黄霉素、金霉素等抗生素喂养使用，减少动物食品的抗生素残留。