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抗生素的抗菌机理一般是通过影响或者干扰细菌代谢过程的生化反应,抑制细菌细胞壁的合成或者核酸等物质的代谢等方式,阻止抑制细菌分裂繁殖而杀菌或者抑菌,是一种化学方式的 作用机理。细菌在适应与识别这种干扰机制后,就能产生相关酶类物质对抗消除抗生素的作用,而使细菌的分裂繁殖顺利进行下去,这也是细菌耐药性产生的机理。
抗菌肽主要是通过物理电性作用的方式破坏细菌的细胞膜,是一种物理的方式,造成结构性的损坏,细菌对这种物理破坏细胞结构的作用机制无法对抗而产生适应性 和耐受性,因此,在理论和作用机制上,抗菌肽不论在什么情况下都不会引起细菌的耐药性产生。这是抗菌肽与抗生素的本质性区别。